Les contaminations microbiologiques représentent un coût caché considérable pour l’industrie agroalimentaire. Les arrêts de ligne, retraits de lots, rebuts de matières premières et risques pour l’image de marque pèsent directement sur la rentabilité des sites. Jusqu’à 20 % des aliments produits sont jetés après fabrication, en partie à cause de micro-organismes.
Des bactéries, levures et moisissures qui altèrent l’aspect, le goût ou l’odeur des produits sans être forcément dangereuses pour le consommateur, qui va par exemple constater le gonflement d’une barquette sous blister.
Rachat de Neoprospecta au Brésil
C’est sur ce terrain à fort enjeu opérationnel que le groupe lyonnais bioMérieux (13 700 salariés, plus de 4 Md€ de CA en 2024) déploie SmartBiome, une solution de séquençage ADN à haute résolution qui transforme l’analyse microbiologique en outil de pilotage des lignes de production. Concrètement, SmartBiome permet de cartographier les flores d’altération, de relier les contaminations à des zones, équipements ou matières premières spécifiques, puis de suivre l’effet des actions correctives (modification d’un nettoyage, réglage d’un paramètre, changement de fournisseur) sur la performance des ateliers.
Pensée pour les industries pharmaceutiques et agroalimentaires, la solution a été développée avec Neoprospecta, société brésilienne de biotechnologie spécialisée dans la génomique et la data science, acquise par bioMérieux début 2025. Cette équipe, forte d’une cinquantaine de personnes, conçoit des analyses microbiologiques innovantes basées sur le séquençage nouvelle génération de l’ADN et sur l’analyse bio-informatique, afin de transformer un volume massif de données brutes en indicateurs directement utilisables par les équipes qualité et production.
Des données au service du pilotage industriel
Disponible en Europe, en Amérique du Nord et en Amérique latine, la plateforme permet d’identifier précisément les flores d’altération sur les produits et les surfaces, d’en remonter l’origine (matière première, environnement, étape de conditionnement…) et d’en suivre l’évolution dans le temps. Les données générées sont agrégées et interprétées dans un environnement logiciel dédié : tableaux de bord, tendances, cartes de risques microbiologiques par zone de production.
"Nous ne livrons plus seulement des résultats analytiques, mais des informations actionnables pour améliorer la performance industrielle et la maîtrise des risques microbiologiques", souligne Yasha Mitrotti, directeur exécutif des applications industrielles de bioMérieux. Pour les industriels, l’enjeu est de passer d’une logique réactive (agir après un incident ou un retrait de lot) à une approche préventive : comprendre les mécanismes d’altération, anticiper les dérives et sécuriser les chaînes de production pour réduire les pertes et stabiliser la qualité.
Une stratégie de "diagnostic augmenté"
"Nous donnons aux industriels de l’agroalimentaire la capacité de comprendre et de maîtriser les altérations d’une manière totalement inédite", insiste Alejo Migones, directeur de l’activité sécurité et qualité alimentaire de bioMérieux.
Cette offre s’inscrit dans la stratégie de montée en gamme du groupe basé à Marcy-l’Étoile (Rhône), qui mise sur le "diagnostic augmenté" pour se différencier. Au-delà de la fourniture de tests, bioMérieux, spécialiste des solutions de diagnostic permettant d’identifier l’origine d’une maladie ou d’une contamination, s’attache à délivrer des informations à forte valeur ajoutée, directement utiles à la décision opérationnelle (pilotage des lignes, plan de contrôle, plans de nettoyage) et stratégique (choix de procédés, politique fournisseurs, etc.).
