Conséquence directe des perturbations liées à la présence migratoire dans le Calaisis, l'année 2016 présente une certaine quantité de chiffres à la baisse comme le transport de voyageurs et le trafic poids lourds mais également des bonnes nouvelles sur les terminaux de commerce et le port de pêche boulonnais. Le trafic passagers transmanche accuse un recul important par rapport à 2015 avec une baisse de 6,96 %. Le trafic voyageurs confirme la tendance à 9 090 694 passagers, celui des autocars est en repli de 8,3 % avec 80 448 véhicules. « En l'état, le Port Boulogne-Calais accuse un manque à gagner sur 2016 de 112 052 véhicules, 695 558 passagers et 7 269 autocars par rapport à 2015 », précise la direction portuaire avant d'ajouter : « Côté poids lourds, le trafic vers l'Angleterre est également en retrait par rapport aux prévisions, conséquence des perturbations liées à la présence de migrants aux abords du port de Calais jusqu'au mois d'octobre ».
Alors que le trafic transmanche est globalement en forte croissance, + 6 % sur 2016, « le Port Boulogne Calais n'a pas réussi à en prendre sa juste part avec une croissance globale du fret roulant de seulement 3,38 % pour un total de 1 909 011 poids lourds ». L'activité du port de commerce tant sur Boulogne que sur Calais s'est, elle, fortement redressée en 2016. « Dopée notamment par les importants besoins du chantier de Calais Port 2015, l'activité commerce sur Calais termine l'année avec un total de 1 224 978 tonnes tandis que le volume sur Boulogne s'élève à 616 367 tonnes », complète le port boulonnais qui conserve ses places de premier port de pêche français en volume et deuxième en valeur (77,8 millions d'euros) malgré une baisse de 6,2 % de son volume.