Le phénomène de dématérialisation, dans lequel s'inscrivent la télédéclaration et la tenue de la comptabilité informatisée, a conduit l'administration à s'adapter en instituant un modede contrôle spécifique mené par des inspecteurs spécialisés appartenant à la Brigade de vérification des comptabilités informatisées (BVCI). Après une prise de connaissance du système d'information (réunion avec les équipes informatique et comptable, questionnaire), les «BVCistes» émettent des demandes de traitement informatique sur des thèmes généralement identifiés par les inspecteurs en charge de la vérification de comptabilité (TVA déductible, dépréciation des stocks, provisions pour garantie, etc.). Ce contrôle est encadré par une procédure spécifique (article L47 A II du Livre des Procédures Fiscales). En pratique, le contribuable peut décider d'effectuer lui-même tout ou partie des traitements informatiques ou d'en laisser la réalisation à l'Administration. Le contrôle informatisé permet au vérificateur de mener des investigations plus efficaces quant au respect des obligations comptables. Il lui permet également de rapprocher les données de différentes applications informatiques afin d'identifier les incohérences et de chiffrer plus aisément les redressements via un logiciel dédié (ACL). Ainsi, ce type de contrôle implique un plus grand risque de redressement et, en cas de non-conformité de la comptabilité informatisée, de fortes pénalités. Déjà fréquent dans le cadre des contrôles des grandes entreprises, le contrôle informatisé se systématise aujourd'hui dans les PME. Celles-ci doivent donc non seulement s'y préparer en amont afin de minimiser les risques de redressement (audits de conformité, tests informatiques, etc.), mais également être prêtes à mobiliser leurs équipes informatiques, comptables et fiscales lors du contrôle.
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