Elu en mai 2012, Bertrand Monthubert quitte le 30 septembre la présidence de l'université Toulouse III - Paul Sabatier. Deux raisons à cela, la première "politique", la seconde "intellectuelle". "Je souhaite solliciter les suffrages des électeurs pour les prochaines élections régionales et la candidate qui représentera la majorité, Carole Delga, m’a fait l’honneur de me faire figurer en bonne position sur la liste de la Haute-Garonne", a expliqué Bertrand Monthubert. Et de rajouter : "J’ai été rapporteur de la Stratégie nationale pour l’enseignement supérieur. J’ai remis ce rapport, avec Sophie Béjean, le 8 septembre au président de la République. (...) Le secrétaire d’Etat à l’enseignement supérieur et à la recherche, Thierry Mandon, m’a demandé de travailler à la mettre en œuvre."
Cette démission entraîne la fin du mandat des membres du conseil d'administration, du conseil scientifique et du conseil des études et de la vie universitaire, conformément aux dispositions prévues par la loi. Par arrêté en date du 25 septembre 2015, Hélène Bernard, rectrice de l'académie de Toulouse, chancelière des universités, a nommé Amal Sayah, vice-président du conseil d'administration de l'établissement, administrateur provisoire du 1er octobre jusqu'à l'élection du nouveau président de l'université.
