Dans son épais rapport 2019, la Cour des Comptes consacre tout un chapitre à l'état financier de la nouvelle Université de Lille, qui pour sa première année de fonctionnement affiche un budget déficitaire, à - 6M€. Au-delà de la préparation insuffisante de la fusion sur le plan budgétaire, la Cour des Comptes met en garde l'Université sur la cohérence de son offre pédagogique, dans la perspective de la validation du label I-site et de la création de l'Université de Lille-Nord-Europe, en 2021.
