Comme d'autres universités en France, Rennes 1 présente un déficit. Celui-ci atteignait 5,8 M€ en 2017 et 2,8 M€ en 2018, sur un budget global de 283 M€. Malgré un appel au soutien lancé à son ministère de tutelle, le conseil d'administration de l'université Rennes 1 a dû voter un plan de retour à l'équilibre prévoyant une réduction de 5 M€ de sa masse salariale (qui représente 80 % du budget), par le non renouvellement sur trois ans de 82 postes d'agents titulaires et contractuels, ainsi qu'une baisse de dotations pour la recherche. Le plan a été dénoncé par l'intersyndicale, qui estime la coupe totale à 120 postes.
