La Chambre régionale des comptes Pays de la Loire a procédé, pour les exercices 2015 et suivants, au contrôle des comptes et de la gestion de trois entités composant l’agence Loire-Atlantique Développement. Ainsi, la société d’équipement de Loire-Atlantique, opérateur historique du Département en matière d’aménagement, présente une indépendance financière "très limitée". Pour la société publique locale Loire-Atlantique Développement, qui propose une offre de services en matière de développement économique et touristique, "la situation financière n’est pas stabilisée". La Chambre précise : "L’excédent brut d’exploitation était positif jusqu’en 2018 en raison des importantes subventions d’exploitation correspondant notamment aux contributions versées par le Département. Toutefois, celles-ci diminuent en moyenne de 3,6 % par an, pouvant à terme engendrer des pertes d’exploitation, si cette baisse perdure à charges constantes."
