Hervé Brailly, président du directoire et directeur général de la société, est diplômé de l'Ecole des Mines de Paris (1983) et docteur en immunologie, avec une spécialisation en immuno-pharmacologie. Il a auparavant occupé différents postes chez Immunotech, dont le dernier en date était celui de directeur d'une ?business unit? de 65 personnes réalisant un chiffre d'affaires de 30millions de dollars. Stéphane Boissel, directeur général adjoint et directeur financier de la société, est titulaire de diplômes universitaires dans le domaine financier (MSG et DEA, Lyon et Paris-Dauphine), de diplômes professionnels (DESCF et SFAF) ainsi que d'un MBA obtenu à l'Université de Chicago GSB. Avant de rejoindre la société, il a été auditeur chez PWC, et a travaillé pour le groupe Lazard, en France et à l'étranger (Singapour et Hong Kong), dans le secteur du capital risque et du conseil en fusions et acquisitions. François Romagné, directeur général adjoint et directeur scientifique de la société, est ingénieur de l'Institut national agronomique de Paris Grignon. Il a occupé différentes positions en R & D chez Immunotech, dont celle de manager R & D d'une ?business unit?.
Le management de la société Innate Pharma est structuré autour d'un directoire, composé de trois personnes, auprès duquel intervient un comité exécutif de six personnes (les membres du directoire, auxquels s'ajoutent Patrick Squiban, Hemanshu Shah et Jérôme Tiollier).