Jean-Bernard Gilles rejoint le conseil régional de la Nouvelle-Aquitaine comme directeur de cabinet adjoint, conseiller technique en charge du développement économique, de la formation professionnelle, de l’emploi, de l’enseignement supérieur et de la recherche.
Il était depuis 2007 journaliste au quotidien Sud Ouest, et avait en charge les pages « économie ». Il était auparavant salarié de la revue professionnelle Le Moniteur. Au conseil régional, Jean-Bernard Gilles remplace Raphaël Dupin, qui prend la direction de Cap Sciences, centre de culture scientifique, technique et industrielle basé à Bordeaux.