La mission de médiation portée par Philippe Dorthe, conseiller régional et départemental, a débouché le 7 décembre sur un protocole d'accord entre la direction du port, les collectivités, l'Etat et les représentants du personnel. L'ensemble des préavis de grève locaux a ainsi été levé. Une phase de concertation s'ouvre autour de l'organisation de la société Bordeaux Opérations Portuaires, filiale du Grand Port Maritime de Bordeaux, qui a désormais en charge les activités de manutention verticale suite à la liquidation de Bordeaux Atlantique Terminal.
